我國城鎮化的快速推進，加大了對城市公共交通基礎設施的需求。在這種狀況下，此前主要由政府資金來支撐建設及運營的公共交通基礎設施建設面臨著如何引進民間資本、解決資金瓶頸的問題。PPP模式是建立在公共部門和民營部門交流和合作的基礎上的一種新型項目組織模型，能夠解決公共基礎設施資金規模大、風險民間部門難以承擔的難題，提高公共服務質量。近年來，我國城市公共交通中PPP模式的應用已取得了很大進展，但仍存在以下難題。

政府部門的財政能力和經驗偏好影響城市公共交通PPP模式的良性發展。從財政能力看，財政收支矛盾仍在加劇，而中央對地方政府違規舉債的管控日益收緊；從地方政府的發展路徑看，依靠投資拉動經濟發展的模式并沒有得到根本改變，這些都增加了地方政府對PPP模式的需求。與此同時，也產生了一定的偽PPP項目。PPP模式最顯著的特征就是風險共擔、利益共享，但在一些偽PPP項目中，卻存在著只有產業基金、金融機構等財務投資者、沒有專業運營商，企業只能通過施工獲利而不能通過運營盈利，進一步加劇了地方政府的債務風險。

社會資本發展的滯后制約了城市公共交通中PPP模式的良性發展。根據財政部PPP中心《全國PPP綜合信息平臺項目庫第6期季報》，截止到2017年第一季度，455個落地的全部PPP示范項目中共有716家簽約社會資本，其中國有控股企業和國有獨資企業的數量分別為24%、31%，民營獨資企業和民營控股企業分別占20%、17%。但從我國實際情況來看，這兩個主體的發展都存在著一定的問題。國有資本的改革長期處于滯后狀態，其在市場規則和行政管理方式的雙重約束下活力不足，同時，由于其在運營管理項目上經驗的缺乏，導致PPP項目經營管理主體往往由當地政府管理機構來承擔，背離了PPP項目的初衷。而我國民營資本無論是融資能力、技術管理能力、風險承受能力還是企業數量都無法滿足PPP模式發展的需要，降低了公私合作的可能性。

制度環境不完善阻礙了城市公共交通中PPP模式的良性發展。十八屆三中全會以來，中央部門和地方出臺了大量PPP相關的法律文件,構成了我國有關PPP模式的監管制度框架。但這些政策法規較為分散，且制定主體不同，導致某些政策存在一定的沖突或缺位。關于PPP的法律救濟問題、土地問題、金融機構介入問題、投資者退出問題等都需要進一步深入考量。從信息公開的層面看，PPP項目信息披露過程中，國家發改委、財政部等部門對PPP內涵外延的理解有所不同，主要通過對全國PPP項目信息管理發布平臺、省級發改委或財政廳PPP項目庫進行查詢的方式進行。但從平臺的實際建設情況看，在信息公開的內容、動態公開等方面還存在較大不足，在部門銜接上也面臨著信息平臺對接與協調的問題，這些都增加了社會資本獲取信息的難度。

缺乏風險管理增加城市公共交通中PPP模式的風險。從PPP項目的風險評價分析能力看，我國對交通運輸類PPP項目的風險分析才剛剛起步，更多的是對國外成功PPP項目的經驗進行借鑒。由于不同類別的PPP 項目、甚至同一類別的不同PPP 項目都具有較大的差異性，這種直接的借鑒難免針對性差，風險分析效果并不理想。從風險分擔機制看，目前我國大部分公共交通PPP項目的風險分擔機制存在經濟收益確定性不高、資本金比例要求高等問題，不利于公平、有效的風險分擔機制的建立。只有將風險在公私之間進行合理分擔，才能實現整個項目風險最小化的目標。