解析：

該條第一款系對《政府采購法》第五十二條及第五十四條的糅合。

該條第二款首次規定，采購人或代理機構有權通過采購文件對質疑提出限制性要求。即當采購文件有要求時，供應商針對同一采購環節的質疑應當一次性提出。所謂采購環節，一般包括采購文件的編制與公告、供應商資格審查、對供應商的打分與評審、政府采購合同的簽訂與公告等。該條規定，其意圖在于提高質疑答復效率，減少采購人及代理機構的負擔，避免供應商惡意重復質疑的情形發生。

然而，該條規定在實際執行中尚可能存在一些問題。首先，若供應商違背第二款規定，對同一采購環節分次提出質疑，則在供應商分次提起投訴時，財政部門能否依據本辦法第十九條第二款第（一）項、第二十一條第（二）項及第二十九條第（一）項之規定，對其全部投訴不予受理或駁回，還是僅對其第一次提出的質疑和投訴予以實體審查？其次，根據采購文件的規定否定供應商的質疑資格以及其進而獲得的投訴資格，是否存在下位法與上位法相抵觸的情況？最后，當前缺乏關于采購程序、采購環節的直接規范依據，易導致確定是否同一采購程序環節的標準不統一。要解決這些問題，仍有待進一步明確該條規定的內容。

解析：

該條第一款系對《政府采購法》第五十一條的細化與完善。政府采購質疑與投訴，主要是為了讓參與政府采購活動的供應商有相關救濟渠道，而不是為任何供應商提供舉報政府采購違法行為的途徑。因此，應限制有權提出質疑及進而提出投訴的供應商的范圍。一般而言，公告采購文件的，任何供應商對采購文件的內容都有權質疑；采購文件未公告的部分，只有購買了采購文件的供應商才有權質疑；對采購過程及中標、成交結果提出質疑的，只有遞交響應文件的供應商才有資格。

該條第二款系對《政府采購法》第五十二條及《政府采購法實施條例》（以下簡稱《條例》）第五十三條第（一）項的糅合。

解析：

該條首次對政府采購供應商提出質疑時的函件格式及內容作了規范與要求，有利于供應商有效提出質疑及采購人、代理機構有效答復質疑。

解析：

該條系對《政府采購法》第五十三條的完善，并明確提出采購人、代理機構無權拒收供應商的質疑函。結合本辦法第三十六條第（一）項的規定，采購人、代理機構拒收供應商合法質疑函的，將面臨行政處罰，且直接負責的主管人員和其他直接責任人員可能面臨行政處分。

解析：

該條第一次從規章層面規定了采購人、代理機構在對質疑予以答復時可采取的協助措施，即可組織原評審委員會等協助其進行答復。

關于質疑答復的協助舉措，此前，《政府采購法》及其實施條例中并無相關規定，僅在《財政部關于進一步規范政府采購評審工作有關問題的通知》（財庫〔2012〕69號）最后一部分明確，“參與政府采購活動的供應商對評審過程或者結果提出質疑的，采購人或采購代理機構可以組織原評審委員會協助處理質疑事項，并依據評審委員會出具的意見進行答復”。本條規定系對前述內容的完善，并將評審委員會在質疑答復中的作用明確定位為對采購人或代理機構的協助，而非實際作出決定性意見的組織。

解析：

該條首次對質疑答復的格式及內容作出規范與要求，有利于在全國范圍內實現質疑答復形式的統一，亦有利于后續投訴的受理與處理。

解析：

該條首次對質疑答復的類型和方式進行了明確，與投訴處理的類型和方式存在一定的類似性。

與本辦法關于投訴處理規定的變化一樣，在質疑答復中，第一次明確引入了“順序中標”概念。即若因中標、成交供應商自身的問題導致中標無效的話，為提高政府采購效率、避免程序空轉，可以在其他合格供應商中按照評審或打分排序另行確定中標、成交供應商，而無需徹底推翻已完成的整個采購活動，重新再走一遍采購流程。

當然，由于是首次規定，本條在內容上尚有可完善之處。如《條例》第七十一條關于順序中標有著比較嚴格的適用條件，即中標供應商拒絕簽訂政府采購合同時，才可從合格的中標或者成交候選人中另行確定中標或者成交供應商；沒有合格的中標或者成交候選人的，重新開展政府采購活動。此前，實務中也存在質疑投訴成立后，原中標供應商中標結果無效、按照順序另行確定中標人的做法，但該做法缺乏法律依據，《政府采購法》《條例》等法律法規中均無此規定。94號令將這一做法上升為規章，不過，在某些特定情形中，是否會與上位法相抵觸？又如，94號令未規定，若被質疑的是采購過程中具有共性的、對所有供應商都產生影響的違法問題，則是否仍可采取“順序中標”的原則確定中標或者成交供應商？此時，是否重新開展采購活動才更為妥當？這些仍有待進一步明確。