近年來，隨著國家建設項目審計工作的加強和建設單位自身對工程管理工作的細化，有越來越多的工程在竣工結算時都要求經過審計這一程序，使工程的竣工結算工作無法按期完成，施工單位的工程結算款無法按期收回，嚴重影響施工單位的正常經營活動。甚至有的建設單位由于資金不足，故意借竣工結算來拖延付款時間或借竣工結算審計來壓縮工程造價，給施工單位造成利益損失。根據國家現行的法律規定，對于施工單位來說，一切的審計工作都是竣工結算工作中的事情，審計工作必須遵守承包合同中關于結算的有關規定。

一、審計機關對國家建設工程審計是對建設單位的行政監督行為。

國家審計署發布的《審計機關國家建設項目審計準則》中規定國家建設項目是指國有資產投資或者融資為主（即占控股或者主導地位）的基本建設項目和技術改造項目。被審計單位是工程的建設單位，審計機關和被審計單位是一種審計行政法律關系，審計機關的審計監督只對被審計單位產生法律效力，對施工單位的造價結算不具有約束力。審計機關在審計國家建設項目時，根據需要對項目的勘察、設計、施工、監理、采購、供貨等方面進行審計時，檢查的內容包括：

1.招投標程序及其結果的合法性；

2.工程承發包的合法性；

3.合同的訂立、效力、履行、變更和轉讓、終止的真實性和合法性；

4.設備、材料核算的真實性和有效性；

5.參建單位與國家建設項目直接有關的收費和其他財務收支事項的真實性和合法性；

6.參建單位資質的真實性和合法性。由此可見，在國家建設工程的審計過程中，即使涉及到參建單位，也是以承包合同為基礎，檢查承包合同的合法性和履行合同的真實性，進而對被審計單位（即建設單位）作出審計監督的結論。

二、建設單位與施工單位的竣工結算必須以承包合同為依據。

工程竣工后，建設單位和施工單位按承包規定，進入竣工結算階段，有的建設單位由內部人員來核定結算造價（既內部審計），有的建設單位委托社會上的會計師事務所等中介服務機構來核定結算造價（即社會審計），但無論用什么形式的結算造價核定，都必須以承包合同中規定的工程造價計算方式為依據核定，在時間上也必須遵守合同中規定的結算時間限制。對于合同中沒有規定的新增加部分，以承包發包雙方發生的實際交易為依據，按照國家或地方有關標準進行核算，核算的結果經承發包雙方認可后作為雙方最終結清工程款的法律依據。若對于核算結果雙方意見不統一，又無法經協商達成一致時，可付諸法律訴訟程序解決。

三、訂立合同時減少不確定因素有利于結算工作的順利進行。

既然工程承包合同是工程結算的依據，那么在訂立合同的條款時就應該將結算的辦法及有關的造價核算辦法一一明確，作為工程結算時承包、發包雙方共同遵守的原則。

1、單價固定的合同，一般稱單價合同，在訂立單價合同時必須明確工程量的核算辦法和材料或設計發生變更時如何調整單價。

2、總價固定的合同，一般稱總價合同，在訂立總價合同時，必須明確如果發包方提供的總價核算依據與實際情況不符時，應如何調整總價，以及材料或設計發生變更時如何調整總價。

3、超出原承包合同中規定的承包范圍增加新的項目時，承包及發包雙方應簽定新的協議，并明確價格或計算價格的方法。

綜上所述，工程結算時無論需要政府審計、社會審計、內部審計，都可以視為竣工結算工作內容之內事情，都必須遵守承包及發包雙方訂立的承包合同，因此合同條款的嚴密明確有利于竣工結算工作的順利進行。