施工過程是將投資方案變成實體的過程，建設項目投資的主要資金輸出也發生在施工階段，所以做好施工階段的審計工作至關重要。由于建設項目施工周期長，施工環境、施工工序繁瑣等特點，在施工過程中，許多不可控因素的發生會導致施工工期變化、施工方案調整等情況的發生。審計人員需進入施工現場進行審計，不僅可以隨時了解施工動態與進度，而且可以更加直接、明確的掌握項目的總體進展狀況。在施工階段應重點做好隱蔽工程及工程量變更的審計工作。

1、隱蔽工程的跟蹤審計

隱蔽工程包含基礎工程、鋼筋工程、管道工程等主體工程，占據了項目施工中相當重要的一部分。隱蔽工程的施工工序會被下一道施工工序覆蓋，若隱蔽工程發生質量問題，工程的返工會給工程造成巨大的損失，所以應做好隱蔽工程的審計工作。審計人員應履行好審計職 責，深入施工現場，做好隱蔽工程的施工記錄，必要時需拍照并做好記錄。在施工過程中應重點審查施工工序是否與設計圖紙一致，施工質量是否符合標準要求。同時還應參與到材料采購、合同簽訂的過程中去。在隱蔽工程竣工驗收階段，應重點審計隱蔽簽證的項目名稱與簽證內容是否準確，是否有業主單位、監理單位和施工單位的簽字蓋章。

2、工程量變更的跟蹤審計

在工程竣工結算過程中，最終結算價款與合同規定的價款之間的差異主要來自于工程量變更所產生費用，如果未做好工程變更的記錄工作，會為后期的工程索賠帶來糾紛。審計人員應做好工程變更簽證及工程變更價款的審計工作。工程量變更主要來自設計變更及施工措施變更。應審查工程量變更流程是否準確，設計變更簽證或工程量變更簽證是否屬實，工程變更價款的確立是否符合合同的相關規定或實際市場價格。避免出現虛假變更、偽簽證或工程變更價款虛高等情況的發生。另外，審計人員深入到施工現場，應與施工方及監理方做好溝通，提前發現施工現場需要變更的項目，避免因變更造成的施工返工或延長施工工期。

3、材料價格的跟蹤審計

材料成木價格是工程造價的主要組成部分，我國現有的法律法規對市場行為的約束還不夠,以致建材市場中的施工材料良莠不齊，價格差好大造成了物資采購審計的工作量大且繁瑣。因此，無論采用甲供乙定的供應方式還是采用甲供材料的供應方式，審計人員都應做好市場調查，重點審計材料的規格、性能是否符合設計圖紙要求，材料是否按時供應到施工現場，材料數量是否滿足建筑需求等。確保在保證材料質量的情況下降低材料成本，節約投資。

4、工程進度款撥付的跟蹤審計

工程進度款應依據合同的約定進行撥付。工程進度款的計算主要涉及工程量和綜合單價兩個方面。工程價款的撥付，應在施工過程中雙方確認計量結果后14天內，按完成工程數量支付工程進度款。發包人應按不低于工程價款的60%不高于工程價款的90%的比例進行支付。在此期間，審計人員應重點審查施工單位提交的工程形象進度報表中所涉及的工程量是否在合同約定范圍內，工程量計算是否準確，工程量變更簽證是否有效，綜合單價及材料變更價的確立是否有效。